Simulasi argonaute dan siRNA dengan metode Particle Mesh Ewald (PME)

Julanda, . (2010) Simulasi argonaute dan siRNA dengan metode Particle Mesh Ewald (PME). Undergraduate thesis, Widya Mandala Catholic University Surabaya.

[img]
Preview
Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf

Download (628kB) | Preview
[img]
Preview
Text (BAB 1)
BAB 1.pdf

Download (118kB) | Preview
[img] Text (BAB 2)
BAB 2.pdf
Restricted to Registered users only

Download (839kB)
[img] Text (BAB 3)
BAB 3.pdf
Restricted to Registered users only

Download (79kB)
[img] Text (BAB 4)
BAB 4.pdf
Restricted to Registered users only

Download (5MB)
[img]
Preview
Text (BAB 5)
BAB 5.pdf

Download (88kB) | Preview

Abstract

Suatu gejala yang baru ditemukan pada penghujung abad ke-20 adalah adanya mekanisme pembungkaman (silencing) dalam ekspresi genetik. Gen yang dibungkam adalah gen yang rusak, cacat atau menyebabkan penyakit. Pembungkaman gen terjadi dengan bantuan Dicer yang memotong double stranded RNA (dsRNA) menjadi small RNA, yaitu small interfering RNA (siRNA). Kemudian siRNA akan bergabung dengan protein Argonaute membentuk RNA induced silencing complex (RISC), dimana RISC akan memotong messenger RNA yang membawa informasi genetik sehingga ekspresi gen yang cacat dapat dibungkam. Pada simulasi ini digunakan kompleks siRNA-Argonaute, yang diperoleh dari analisis sinar-X dengan kode 1SI3 dari Brookhaven Protein Data Bank. Kompleks ini dipisahkan pada jarak yang berdekatan kemudian diamati proses pengenalan siRNA-Ago membentuk suatu kompleks. Digunakan program Gromacs 4.0.3 dengan medan gaya ffAmber 03. Molekul ditempatkan dalam kotak oktahedral dengan jarak antar molekul bayangan cermin 2,3 nm, kemudian diisi molekul air TIP3P. Simulasi dikerjakan pada temperatur 300ºK menggunakan metode particle mesh Ewald (PME) yang meliputi sifat struktural dan dinamik. Rata-rata RMSD protein dan RNA adalah 0,2826 nm dan 0,3597 nm. Ikatan hidrogen yang terbentuk antara RG4-ARG64. RMSF protein rendah menunjukkan struktur protein lebih rigid dari RNA. Sudut δ terbentuk antara atom-atom backbone dan gula, umumnya menunjukkan konformasi kerutan gula (sugar puckering) C3’-endo. Sudut δ pada RU9 terlihat paling fluktuatif dibanding sudut δ pada residu lainnya. Sudut χ pada siRNA ini merupakan konformasi –anti, dimana basa berorientasi menjauh dari gula ribosanya. Sudut χ menunjukkan pergerakan yang fluktuatif pada semua residu.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: ["eprint_fieldopt_department_Faculty of Pharmacy" not defined]
Uncontrolled Keywords: siRNA; Argonaute; TIP3P; particle mesh Ewald; RMSD; ikatan hidrogen; RMSF; sudut torsional; Gromacs 4.0.3; ffAmber 03.
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: Vincentius Widya Iswara
Date Deposited: 17 Mar 2015 03:43
Last Modified: 26 Mar 2015 01:28
URI: http://repository.wima.ac.id/id/eprint/1874

Actions (login required)

View Item View Item