Simulasi kompleks argonaute-siRNA dengan metode Particle Mesh Ewald (PME)

Margaretha, Fransiska (2010) Simulasi kompleks argonaute-siRNA dengan metode Particle Mesh Ewald (PME). Undergraduate thesis, Widya Mandala Catholic University Surabaya.

[img]
Preview
Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf

Download (731kB) | Preview
[img]
Preview
Text (BAB 1)
BAB 1.pdf

Download (153kB) | Preview
[img] Text (BAB 2)
BAB 2.pdf
Restricted to Registered users only

Download (443kB)
[img] Text (BAB 3)
BAB 3.pdf
Restricted to Registered users only

Download (92kB)
[img] Text (BAB 4)
BAB 4.pdf
Restricted to Registered users only

Download (1MB)
[img]
Preview
Text (BAB 5)
BAB 5.pdf

Download (96kB) | Preview

Abstract

Terapi gen pada manusia digunakan untuk pengobatan berbagai penyakit. Mekanismenya adalah membungkam gen agar tidak mengekspresikan gen yang jelek, abnormal, atau menyebabkan penyakit. Dalam hal ini Argonaute dalam RISC akan membentuk kompleks dengan siRNA. Kompleks ini yang akan memotong mRNA pada bagian yang mengandung sequence homolog dengan siRNA sehingga ekspresi gen yang salah atau cacat dapat dibungkam (silence). Dalam penelitian ini, paket program GROMACS 4.0.3 dengan medan gaya ffAmber03 digunakan untuk mensimulasi kompleks Argonaute-siRNA. Molekul tersebut ditempatkan masing-masing dalam kotak oktahedral. Kotak tersebut kemudian diisi dengan molekul air TIP3P. Simulasi dikerjakan pada temperatur 300 K. Interaksi elektrostatik dihitung menggunakan metode particle mesh Ewald (PME). Pengamatan dilakukan pada sifat struktural dan sifat dinamik kompleks tersebut. Sifat struktural akan diwakili oleh parameter-parameter seperti ikatan hidrogen, sudut torsional, dan RMSD. Sifat dinamik kompleks tersebut diwakili oleh parameter RMSF. Nilai RMSD siRNA adalah 0,2050 nm, dan protein 0,2053 nm. Ikatan hidrogen yang konstan selama simulasi adalah ikatan GLN128-RG2 dan ARG661-RU7. Ikatan hidrogen HYS55-RU9 tidak terbentuk selama simulasi 5000 ps. Ikatan hidrogen lainnya membentuk pola yang berbeda, dan lebih fluktuatif. Sudut δ umumnya menunjukkan konformasi kerutan gula (sugar puckering) C3’-endo. Sudut χ pada siRNA ini merupakan konformasi –anti, dimana basa berorientasi menjauh dari gula ribosanya. Backbone pada siRNA dan Argonaute memiliki nilai RMSF yang rendah, menunjukkan strukturnya lebih rigid.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: ["eprint_fieldopt_department_Faculty of Pharmacy" not defined]
Uncontrolled Keywords: Terapi gen, RISC, Kompleks Argonaute-siRNA, GROMACS 4.0.3, ffAmber03, Particle Mesh Ewald (PME), Ikatan Hidrogen, Sudut Torsional, RMSD, RMS.
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: Vincentius Widya Iswara
Date Deposited: 19 Mar 2015 09:17
Last Modified: 24 Mar 2015 07:33
URI: http://repository.wima.ac.id/id/eprint/1957

Actions (login required)

View Item View Item