Aplikasi simulasi dinamika molekul: pengaruh overhang residu RNA terhadap kestabilan siRNA

Oktavia, Suryani Widya (2010) Aplikasi simulasi dinamika molekul: pengaruh overhang residu RNA terhadap kestabilan siRNA. Undergraduate thesis, Widya Mandala Catholic University Surabaya.

[img]
Preview
Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf

Download (852kB) | Preview
[img]
Preview
Text (BAB 1)
BAB 1.pdf

Download (90kB) | Preview
[img] Text (BAB 2)
BAB 2.pdf
Restricted to Registered users only

Download (218kB)
[img] Text (BAB 3)
BAB 3.pdf
Restricted to Registered users only

Download (81kB)
[img] Text (BAB 4)
BAB 4.pdf
Restricted to Registered users only

Download (1MB)
[img]
Preview
Text (BAB 5)
BAB 5.pdf

Download (84kB) | Preview
[img]
Preview
Text (LAMPIRAN)
LAMPIRAN.pdf

Download (95kB) | Preview

Abstract

Terapi gen pada manusia telah digunakan untuk pengobatan pada beberapa penyakit. Mekanisme kerja dari terapi gen ini adalah mengoreksi gen-gen cacat yang bertanggung jawab terhadap suatu penyakit dan mengendalikan regulasi ekspresi gen-gen cacat tersebut. siRNA (small interfering RNA), sesuai dengan namanya, adalah RNA pendek yang terdiri atas 21-23 pasangan basa (base pair). Dalam hal ini siRNA bisa mengakibatkan pemotongan mRNA yang dinamakan interferensi RNA (RNA interference) yang biasanya disingkat dengan RNAi. Gangguan ini mengakibatkan mRNA tidak bisa berubah menjadi suatu protein. Geometri dari rantai RNA memungkinkan untuk untai nukleotida 3’ berinteraksi dengan basa yang berdekatan dengan rantai tersebut. Stabilitas untaian basa apabila dua nukleotida dihapuskan dari 3’end di dupleks, tergantung pada identitas basa dan pada untaian basa terdekat. Dalam penelitian ini, paket program GROMACS 4.0.3 dengan medan gaya ffAmber03 digunakan untuk mensimulasi kompleks Argonaute-siRNA. Molekul tersebut ditempatkan masing-masing dalam kotak oktahedral. Kotak tersebut kemudian diisi dengan molekul air TIP3P. Simulasi dikerjakan pada temperatur 300 K. Interaksi elektrostatik dihitung menggunakan metode particle mesh Ewald (PME). Pengamatan dilakukan pada sifat struktural dan sifat dinamik kompleks tersebut. Sifat struktural akan diwakili oleh parameter-parameter seperti ikatan hidrogen, sudut torsional, dan RMSD. Sifat dinamik kompleks tersebut diwakili oleh parameter RMSF. Dari semua parameter menunjukkan bahwa residu RNA dengan overhang G-C lebih konvergen dibandingkan residu RNA dengan overhang C-G.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: ["eprint_fieldopt_department_Faculty of Pharmacy" not defined]
Uncontrolled Keywords: Terapi gen, Overhang Residu RNA, Kestabilan siRNA
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: Vincentius Widya Iswara
Date Deposited: 22 Apr 2015 03:52
Last Modified: 22 Apr 2015 03:52
URI: http://repository.wima.ac.id/id/eprint/2143

Actions (login required)

View Item View Item