Simulasi dinamika molekul macrophage infectivity potentiator dengan ligan rapamycin

Frederica, Monica (2020) Simulasi dinamika molekul macrophage infectivity potentiator dengan ligan rapamycin. Undergraduate thesis, Widya Mandala Catholic University Surabaya.

[img]
Preview
Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf

Download (527kB) | Preview
[img]
Preview
Text (BAB 1)
BAB 1.pdf

Download (266kB) | Preview
[img] Text (BAB 2)
BAB 2.pdf
Restricted to Registered users only

Download (575kB)
[img] Text (BAB 3)
BAB 3.pdf
Restricted to Registered users only

Download (62kB)
[img] Text (BAB 4)
BAB 4.pdf
Restricted to Registered users only

Download (1MB)
[img]
Preview
Text (BAB 5)
BAB 5.pdf

Download (242kB) | Preview
[img] Text (LAMPIRAN)
LAMPIRAN.pdf
Restricted to Registered users only

Download (859kB)

Abstract

Legionnaires’ disease adalah bentuk kronis dari pneumonia yang disebabkan oleh bakteri Legionella pneumophila. MIP (Macrophage Infectivity Potentiator) adalah protein yang dimiliki bakteri Legionella fungsinya membantu bakteri masuk ke dalam jaringan paru-paru. Ligan yang digunakan untuk penelitian ini adalah rapamycin. Topologi dan koordinat GROMACS dihasilkan dari AMBER18 untuk mensimulasi kompleks rapamycin selama 40 ns. Hasil penelitian konformasi 5 nilai RMSD semua atom protein 0,32 nm dan nilai RMSD atom tulang punggung 0,26 nm, konformasi 6 nilai RMSD semua atom protein 0,39 nm dan nilai RMSD atom tulang punggung 0,33 nm, konformasi 7 nilai RMSD semua atom protein 0,34 nm dan nilai RMSD atom tulang punggung 0,28 nm. Hasil nilai RMSF konformasi 5, konformasi 6 dan konformasi 7 menunjukan ikatan hidrofobik lebih dominan dibandingkan ikatan hidrogen. Adanya residu yang fleksibel menyebabkan gerakan flip pada ligan rapamycin.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: S1 - Farmasi
Contributors:
ContributionContributorsNIDN / NIDKEmail
Thesis advisorWidjajakusuma, Elisabeth CatherinaNIDN0705047401monica.frdrca@yahoo.com
Uncontrolled Keywords: Legionnaires’ pneumophila, MIP, Rapamycin, GROMACS, RMSD, RMSF
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: Users 8576 not found.
Date Deposited: 28 Jul 2020 09:15
Last Modified: 28 Jul 2020 09:15
URI: http://repository.wima.ac.id/id/eprint/22602

Actions (login required)

View Item View Item