Simulasi dinamika molekul FKBP12 dengan ligan rapamycin

Kaweono, Kornelius (2020) Simulasi dinamika molekul FKBP12 dengan ligan rapamycin. Undergraduate thesis, Widya Mandala Catholic University Surabaya.

[img]
Preview
Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf

Download (515kB) | Preview
[img]
Preview
Text (BAB 1)
BAB 1.pdf

Download (239kB) | Preview
[img] Text (BAB 2)
BAB 2.pdf
Restricted to Registered users only

Download (1MB) | Request a copy
[img] Text (BAB 3)
BAB 3.pdf
Restricted to Registered users only

Download (366kB) | Request a copy
[img] Text (BAB 4)
BAB 4.pdf
Restricted to Registered users only

Download (818kB) | Request a copy
[img]
Preview
Text (BAB 5)
BAB 5.pdf

Download (312kB) | Preview

Abstract

Imunosupresi adalah berkurangnya kapasitas sistem kekebalan tubuh untuk merespon antigen asing secara efektif, termasuk antigen permukaan pada sel tumor. Sedangkan imunosupresan adalah obat yang menekan sistem imun atau menurunkan respon tubuh. Obat imunosupresan memiliki 5 jenis diantaranya glukokortokoid, sitostatika, antibodi, obat yang bekerja pada imunofilin, dan obat lainnya. Pada penelitian kali ini, obat immunosupresan yang digunakan adalah rapamycin. Pemilihan rapamycin karena rapamycin berikatan dengan protein spesifik pada mamalia yang memiliki peranan penting dalam respon imun yaitu FK506 Binding Protein 12 (FKBP12). Dalam penelitian ini interaksi kompleks protein FKBP12 dan ligan rapamycin dipelajari dengan metode simulasi dinamika molekul. Dalam penelitian ini, konformasi awal kompleks diambil dari Protein Data Base (PDB) 1FKB, parameterisasi ligan dengan medan gaya umum AMBER (GAFF) dan muatan diturunkan menggunakan metode AM1-BBC yang diterapkan dalam program Antechamber dari AMBER 18. Selanjutnya metode yang diterapkan adalah Metode flooding menggunakan potensial buatan yang membuat kestabilan konformasi sampel. Nilai hasil simulasi RMSF Cα pada tiap sub yang merupakan sisi aktif dari FKBP12 yaitu 0,05 nm di dalam sub 3. Pada sub 5 terdapat 2 sisi aktif dengan nilai RMSF 0,07 nm dan 0,06 nm. Pada sub 8 hanya terdapat 1 sisi aktif dengan nilai RMSF 0,06 nm. Pada sub 11 terdapat 5 sisi aktif yaitu dengan nilai RMSF 0,10 nm, 0,09 nm, 0,07 nm, 0,10 nm, 0,11 nm. Pada sub 15 dan 17 terdapat 1 sisi aktif di tiap sub dengan nilai RMSF 0,09 nm pada sub 15 dan 0,06 nm pada sub 17. Pada sub 16 terdapat 2 sisi aktif dengan nilai RMSF 0,14 nm dan 0,15 nm. Simulasi dinamika molekul selama 40 ns menghasilkan lima konformasi protein FKBP12. Pada kelima konformasi protein FKBP12 struktur rapamycin mengalami lekukan. Interaksi ikatan hidrogen memiliki pengaruh yang lebih dominan daripada interaksi hidrofobik dalam stabilitas interaksi ligan rapamycin dan residu protein FKBP12 pada sisi aktifnya.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: S1 - Farmasi
Contributors:
ContributionContributorsNIDN / NIDKEmail
Thesis advisorWidjajakusuma, Elisabeth CatherinaNIDN0705047401UNSPECIFIED
Uncontrolled Keywords: Imunosupresi, imunosupresan, FKBP12, rapamycin, dinamika molekul, root mean square deviation (RMSD), root mean square fluctuation (RMSF).
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: Users 8945 not found.
Date Deposited: 02 Sep 2020 06:11
Last Modified: 02 Sep 2020 06:11
URI: http://repository.wima.ac.id/id/eprint/23435

Actions (login required)

View Item View Item