Cahyono, Livia Devi (2010) Aplikasi simulasi dinamika molekul : pengaruh pasangan basa c-u pada kestabilan RNA overhang. Undergraduate thesis, Widya Mandala Catholic University Surabaya.
Preview |
Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf Download (500kB) | Preview |
Preview |
Text (BAB 1)
BAB 1.pdf Download (179kB) | Preview |
![[thumbnail of BAB 2]](http://repository.ukwms.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text (BAB 2)
BAB 2.pdf Restricted to Registered users only Download (396kB) |
|
Text (BAB 3)
BAB 3.pdf Restricted to Registered users only Download (60kB) |
|
Text (BAB 4)
BAB 4.pdf Restricted to Registered users only Download (613kB) |
Preview |
Text (BAB 5)
BAB 5.pdf Download (113kB) | Preview |
Preview |
Text (LAMPIRAN)
LAMPIRAN.pdf Download (156kB) | Preview |
Abstract
Terapi gen pada manusia digunakan untuk pengobatan berbagai penyakit. Mekanismenya adalah membungkam gen agar tidak mengekspresikan gen yang jelek, abnormal, atau menyebabkan penyakit. Dalam hal ini siRNA untai tunggal hasil pemisahan dari RISC akan membentuk pasangan dengan mRNA. Kemudian 'slicer' yang terdapat pada RISC akan memotong mRNA. mRNA yang semula untai tunggal menjadi untai ganda (dsRNA). Selanjutnya dsRNA ini kembali teridentifikasi dan seterusnya berulang-ulang, mengakibatkan banyak mRNA yang terpotong dan tidak berfungsi lagi.Dalam penelitian ini, paket program GROMACS 4.0.3 dengan medan gaya ffAmber03 digunakan untuk mensimulasi kestabilan yang terjadi antara pasangan canonical dan pasangan non-canonical. Molekul tersebut ditempatkan masing-masing dalam kotak oktahedral. Kotak tersebut kemudian diisi dengan molekul air TIP3P. Simulasi dikerjakan pada temperatur 300 K. Pengamatan dilakukan pada sifat struktural dan sifat dinamik kompleks tersebut. Sifat struktural akan diwakili oleh parameter-parameter seperti ikatan hidrogen, sudut torsional, dan RMSD. Sifat dinamik kompleks tersebut diwakili oleh parameter RMSF.Hasil RMSD yang didapatkan yaitu struktur backbone yang disimulasi lebih fleksibel dibandingkan siRNA. Ikatan hidrogen yang tetap terbentuk selama simulasi adalah ikatan RG2-RC15, RU3-RA14, RA5-RU12 dan RC6-RG11. Sudut δ umumnya menunjukkan konformasi kerutan gula (sugar puckering) C2‟-endo. Sudut χ pada siRNA ini merupakan konformasi –anti, dimana basa berorientasi menjauh dari gula ribosanya. Berdasarkan hasil RMSF didapatkan backbone siRNA tidak bersifat rigid sedangkan siRNA bersifat rigid karena terdapat overhang.
| Item Type: | Thesis (Undergraduate) |
|---|---|
| Department: | ["eprint_fieldopt_department_Faculty of Pharmacy" not defined] |
| Uncontrolled Keywords: | Terapi gen, RISC, siRNA, GROMACS 4.0.3, ffAmber03,ikatan hidrogen, sudut torsional, RMSD, RMSF |
| Subjects: | Pharmacy |
| Divisions: | Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program |
| Depositing User: | Vincentius Widya Iswara |
| Date Deposited: | 19 Mar 2015 02:51 |
| Last Modified: | 25 Mar 2015 05:00 |
| URI: | http://repository.ukwms.ac.id/id/eprint/1929 |
Actions (login required)
 |
View Item |