Simulasi dinamika molekul bentuk apo protein macrophage infectivity potentiator dari Legionella pneumophila

Agustina, Puspita Dewi (2021) Simulasi dinamika molekul bentuk apo protein macrophage infectivity potentiator dari Legionella pneumophila. Undergraduate thesis, Widya Mandala Catholic University Surabaya.

[thumbnail of ABSTRAK] Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf

Download (457kB)
[thumbnail of BAB 1] Text (BAB 1)
BAB 1.pdf

Download (221kB)
[thumbnail of BAB 2] Text (BAB 2)
BAB 2.pdf
Restricted to Registered users only

Download (599kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 3] Text (BAB 3)
BAB 3.pdf
Restricted to Registered users only

Download (193kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 4] Text (BAB 4)
BAB 4.pdf
Restricted to Registered users only

Download (716kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 5] Text (BAB 5)
BAB 5.pdf

Download (324kB)

Abstract

Penyakit legioner adalah penyakit menular yang menyebabkan pneumonia. Protein macrophage infectivity potentiator (Mip) adalah polipeptida 24 kDa dan diketahui berperan dalam patogenisitas Legionella. Dalam penelitian ini, simulasi dinamika molekuler dilakukan pada bentuk apo protein Mip Legionella pneumophila untuk mendapatkan gambaran sifat struktural dan konformasinya. Konformasi awal diambil dari Protein Data Base (PDB) 2VCD dan ligan rapamycin dihilangkan. Simulasi dinamika molekuler 200 ns menunjukkan nilai RMSD rata-rata untuk semua atom protein dan untuk atom tulang belakang masing-masing pada 0,28 dan 0,20 nm. Residu yang paling fleksibel berdasarkan perhitungan rata-rata RMSF dan dilihat dari perubahan dPCA adalah P117. Hasil analisis dPCA menunjukkan perubahan konformasi protein Mip.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: S1 - Farmasi
Contributors:
Contribution
Contributors
NIDN / NIDK
Email
Thesis advisor
Widjajakusuma, Elisabeth Catherina
NIDN0705047401
ecwidj@ukwms.ac.id
Uncontrolled Keywords: penyakit legioner, macrophage infectivity potentiator (Mip), dihedral angle principal component analysis (dPCA)
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: Puspita Dewi Agustina
Date Deposited: 11 Jan 2022 04:07
Last Modified: 11 Jan 2022 04:07
URI: http://repository.ukwms.ac.id/id/eprint/27957

Actions (login required)

View Item View Item