Dewi, Aura Yunita Cantika Dewi (2021) Simulasi dinamika molekul kompleks ligan turunan senyawa sikloheksimida (2-[2-(3,5-dimetil-2-oksosikloheksil)-2-hidroksiletil]-2,6-piperidindion-N-(3,5-dimetiladamantan-1-il)etanamida) dengan protein macrophage infectivity potentiator dari Legionella pneumophila. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.
Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf Download (290kB) |
|
Text (BAB 1)
BAB 1.pdf Download (151kB) |
|
Text (BAB 2)
BAB 2.pdf Restricted to Registered users only Download (339kB) | Request a copy |
|
Text (BAB 3)
BAB 3.pdf Restricted to Registered users only Download (37kB) | Request a copy |
|
Text (BAB 4)
BAB 4.pdf Restricted to Registered users only Download (832kB) | Request a copy |
|
Text (BAB 5)
BAB 5.pdf Download (171kB) |
Abstract
Bakteri Gram negatif Legionella pneumophila menyebabkan penyakit legioner. Bakteri ini memiliki protein macrophage infectivity potentiator (Mip), protein virulensi. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari interaksi kompleks protein Mip dengan turunan sikloheksimida, (2-[2-(3,5-dimetil-2-oksosikloheksil)-2-hidroksietil-2,6- piperidindion-N-(3,5-dimetiladamantan-1-il)etanamida), menggunakan metode simulasi dinamika molekul klasik. Topologi dan koordinat GROMACS dihasilkan dengan medan gaya AMBER18 untuk mensimulasikan kompleks. Nilai rata-rata RMSD untuk semua atom protein dan atom tulang belakang masing-masing adalah 0,26 dan 0,18 nm. Hal ini menunjukkan bahwa fleksibilitas atom rantai samping lebih tinggi daripada atom tulang belakang. Analisis nilai RMSF juga dibuktikan dengan hasil Dihedral angle principal component analysis (dPCA) yang terdapat pada residu asam amino yaitu I118, V82, Q81, F77 dan P117.
Item Type: | Thesis (Undergraduate) |
---|---|
Department: | S1 - Farmasi |
Contributors: | Contribution Contributors NIDN / NIDK Email Thesis advisor Widjajakusuma, Elisabeth Catherina Widjajakusuma NIDN0705047401 ecwidj@ukwms.ac.id |
Uncontrolled Keywords: | macrophage infectivity potentiator, Legionella pneumophila, simulasi MD, turunan sikloheksimida, faktor virulensi |
Subjects: | Pharmacy |
Divisions: | Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program |
Depositing User: | Aura Yunita Cantika Dewi |
Date Deposited: | 11 Jan 2022 09:06 |
Last Modified: | 11 Jan 2022 09:08 |
URI: | http://repository.ukwms.ac.id/id/eprint/28012 |
Actions (login required)
View Item |